Những Cô Nàng Thua Cuộc kể về Nukumizu Kazuhiko, một anh chàng là nhân vật phụ trong lớp, đã chứng kiến cảnh tượng cô nàng nổi tiếng Yanami Anna bị đá. Chính vào lúc đó, đã xuất hiện những nữ chính mang trên mình cảm giác thua cuộc, như Yakishio Lemon của câu lạc bộ điền kinh, hay Komari Chika của câu lạc bộ văn học. Cùng nhau, họ vượt qua những trở ngại khó xử với hy vọng cuối cùng sẽ tìm thấy tình yêu!