ATRI Những Khoảnh Khắc Thân Yêu Của Tôi kể về Ikaruga Natsuki, cậu bé mồ côi mẹ và mất một chân trong tai nạn khi nền văn minh loài người đã bị nuốt chửng bởi sự dâng cao bất thường của mực nước biển. Cậu không còn ai thân thuộc, chỉ có chiếc tàu và tàu ngầm do bà để lại, cùng với một khoản nợ lớn phải trả. Cơ hội duy nhất để Natsuki lấy lại ước mơ về tương lai là nhận lời mời của Catherine cùng nhau đi tìm kho báu trong phòng thí nghiệm dưới biển của bà Natsuki, nơi có tin đồn bà đã giấu một điều gì đó quý giá. Nhưng khi đến nơi, họ không tìm thấy tiền bạc hay đá quý, thay vào đó là một cô gái kỳ lạ đang ngủ say trong quan tài. Cô ấy tên là Atri. Atri là một người máy, nhưng cô sở hữu vẻ ngoài và cảm xúc như một con người thật sự. Cô biết ơn Natsuki vì đã giải thoát mình khỏi quan tài. Trong thị trấn nhỏ dần chìm trong biển, một mùa hè đáng nhớ sắp diễn ra với cậu bé và cô gái người máy bí ẩn