Chiếc Hộp Màu Xanh kể về Taiki Inomata, học sinh năm thứ ba trung học cơ sở, theo học tại Học viện Eimei, một trường học tích hợp với chương trình thể thao chính. Sau khi gia nhập đội cầu lông của trường trung học, Taiki cố gắng tham gia buổi tập mở sớm nhất có thể. Nhưng dù có đến sớm thế nào, cậu vẫn luôn về thứ hai trong phòng tập thể dục. Người đi trước cậu một bước là Chinatsu Kano, học sinh năm nhất trung học phổ thông và là người mà Taiki thầm thương trộm nhớ. Chinatsu là ngôi sao đang lên của đội bóng rổ, và khoảng cách giữa cô và Taiki không thể lớn hơn được nữa. Mặc dù Taiki là một vận động viên cầu lông khá, nhưng độ nổi tiếng của anh không thể sánh bằng Chinatsu, khiến khả năng tình cảm của anh được đáp lại càng thấp hơn. Tuy nhiên, trong một bước ngoặt kỳ lạ của số phận, cô lại sống trong nhà của Taiki!